Сын Иоанн спокойно занимался торговлей, как занимался и отец его. Не раз Иоанн в карельском насаде (большой лодке) переплывал обширное Онежское озеро, простирающееся на 200 верст. Но однажды, возвращаясь из Повенца в Новгород с грузом соли, на середине озера застигнут он был страшной бурей. Долго насад носился по произволу волн, казалось, вот-вот неуправляемый насад должен был пойти ко дну. Иоанн стал просить у Господа избавления от смерти, обещая в случае спасения принять монашеский постриг. Его молитва была услышана, насад выбросило на остров Клименцы. Иоанн со слугами благодарил Бога и в это время услышал голос, повелевший ему построить обитель во имя Живоначальной Троицы. Здесь же в прибрежных кустах можжевельника чудесно обрел он икону Св. Троицы. На месте, куда его выбросили волны, он поставил крест, а на месте явления иконы — крест и часовню. Это было в 1490 году.
Вернувшись в Новгород, Иоанн распорядился своим богатым имуществом и, приняв иноческий постриг с именем Иона, отправился на остров. На нем он построил два храма: во имя Святой Троицы во имя святителя и чудотворца Николая – покровителя мореплавателей и землепроходцев. Затем святой приготовил все необходимое для обители иноков. Троицкий Николо-Климецкий монастырь был основан около 1520 года. Так преподобный исполнил завет Господа. Из бедного Нятинского монастыря, расположенного в трех верстах от новой обители, пришли братия. К ним присоединились иноки из других мест, желавшие безмолвия и уединения. Митрополит Московский Варлаам (1511—1512) благословил для храмов обители антиминсы и хотел поставил святого Иону настоятелем, но тот по смирению отказался. Прп. Иона уговорил новгородского иеромонаха Тихона принять настоятельство, а сам подвизался как простой инок. Прп. Иона мирно скончался 6/19 июня 1534 года и был погребен у храма во имя святителя Николая.
В кижских землях, на южном побережье Большого Клименецкого острова Свято-Троицкий Клименецкий мужской монастырь, основанный в первой четверти XVI века, появился как форпост Православия, в период значительных территориальных угроз со стороны Швеции. Христианизация населения Русской Церковью дополнительно закрепляла принадлежность этих мест к Московскому государству. Расположение монастыря позволяло контролировать торговый путь через Повенец к Белому морю.
В первые годы существования Клименецкой обители в ней находилось два храма, построенные в честь Живоначальной Троицы и свт. Николая. Над нетленными мощами святого была построена часовня. В конце XVII века возводится церковь Сретения Господня. Но в 1709 г. от удара молнии храмы «сгорели без остатка». Новую Троицкую церковь освятили 23 сентября 1712 г., а через 7 лет был восстановлен Сретенский храм. В 1757 г. завершилось строительство каменной церкви святых и праведных Елизаветы и Захария, построенной на деньги императрицы Елизаветы Петровны, которая узнала от своей фрейлины, проезжавшей через Клименецкий монастырь на Соловки, о том, что святые мощи основателя монастыря не имеют приличного надгробия и почивают под крышей ветхой часовенки.
На протяжении четырех веков Клименецкий монастырь оставался источником значительного нравственного влияния на окружающее его общество. Известно, что, как местный святой, прп. Иона покровительствует всем путешествующим по здешним водам.Достаточно близкое расположение монастыря от турбазы ( около 15 км. на катере) делает эту экскурсию возможной,но при условии благоприятной погоды.