Они интересны как памятники природы, истории и архитектуры. Острова образуют сложный и запутанный лабиринт. Здесь на сравнительно небольшой территории можно ознакомиться с большинством типичных для Карелии ландшафтов. Тундровый ягель, таёжные ель и сосна соседствуют здесь с вязом и липой, перемешались и другие представители северной и южной природы. Здесь есть скалы и низменные берега, высокотравные луга и заросли водной растительности. Есть острова побольше (Большой Климецкий, 147 кв.км) и крошечные - плоские камни, едва возвышающиеся над водой - скалистые и заболоченные, покрытые лесом и луговые, вытянутые и почти круглые.
Положение среди Онежского озера даёт климат более теплый, чем на окружающем побережье. В пределах архипелага безморозный период дольше - до 139 дней в году (последние заморозки 20 мая, первые - 7 ноября), сглаживаются и суточные перепады температур. На островах много хорошо прогреваемых склонов, особенно там, где проходят тёмные шунгитовые сланцы. Поэтому здесь произрастают не очень морозоустойчивые виды растений, а местным жителям наряду с рожью, овсом, ячменём и горохом удаётся выращивать коноплю, лён, гречиху, огурцы.
На островах произрастают около 700 видов растений - 2/3 из числа имеющихся в Карелии. Среди них много лекарственных; один из островов в окрестностях Кижей даже назвали Аптекарским. На высокотравных лугах острова Большого Климецкого злаки достигают высоты 170-180 см, а в лесу трава - по пояс. Но наиболее крупные растения можно встретить на островах с карбонатными почвами: там зонтичные имеют высоту до 3 м.
На островах обычны леса из берёзы, осины, серой ольхи, сосны и ели, встречается карельская берёза. Нередки рощи рябин, черёмухи, ивы. На севере часто встречается липа, вяз, чёрная ольха. Иногда кустарники (жимолость, крушина, калина, шиповник, смородина, малина) и высокая трава образуют непроходимые заросли. Участки тайги сохранились на склонах и вершинах гряд, не пригодных для сельского хозяйства.
"Визитная карточка" архипелага - чайки и крачки. Звери водятся в основном на крупных островах, особенно богат ими Большой Климецкий, где встречаются: лось, медведь, волк, лиса, енотовидная собака, лесная куница, горностай, ласка, американская норка, барсук, заяц-беляк, белка, возможно хорёк и росомаха, заходит рысь. В 1934 году появилась ондатра; не обходится и без летучих мышей: их колонии обитают в старой каменной церкви, сохранившейся на месте деревни Конда на южной оконечности острова Большого Климецкого и под куполами деревянных церквей и часовен в Кижах.
В Заонежье болотные руды начали использовать для производства железа не менее 3 тысяч лет назад (находка неолитический мастерской на острове Южном Оленьем). В XVI веке этот район превратился в крупный центр по производству металла. В XVII веке Кижский архипелаг оказался на торговом перекрёстке. По его проливам шёл путь к северным заонежским погостам и на Шуньгскую ярмарку. В это время вдоль водной артерии стали возникать русские поселения.
Православные монастыри возникли здесь в XIV-XVI веках. Это Муромский на восточном побережье Онежского озера, Палеостровский в северной части Заонежья и Климецкий на Большом Климецком острове (конец XV века). Первые поселения возникли на острове Кижи, на севере острова Большой Климецкий и Керкострове. Эти острова первыми и были расчищены под пашню. Пользовались популярностью "кижские ножи". В XVIII веке на островах леса были во многом сведены. При возведении Троицкой церкви Климецкого монастыря лес приходилось уже завозить. В 1799 году вырубка леса и разработка подсек в Заонежье были ограничены в связи организацией государственных ("казённых") дач. Это привело к восстановлению боров.
В начале XX века Заонежье начинает пустеть, люди уходят, земли зарастают. С 1892 по 1916 год население Кижской общины сократилось вдвое: крестьяне ушли в города на фабрики и заводы. После Октябрьской революции люди стали возвращаться, но во время Великой Отечественной войны (граница фронта прошла по островам архипелага) многие эвакуировались и назад не вернулись.